五大蕃主十分高兴，但这种高兴没有持续几天，他们就发现不对了。
按照他们预先的设想，明朝应该还会像过去一样，很快撤军，然后由新被任命的“倭王”来治理整个日本，对大明帝国只需要奉其为宗主国，年年进贡就可以，但事实却并非如此，卢象升亲自坐镇江户城，分派明军官兵占领一座座城池，一个个港口，所有蕃主们都被软禁在江户城内，包括刚刚被册封的倭王，都不能离开，很快得到消息，他们的领地正在明人占领。
倭王不服，来找卢象升分辨，卢象升根本不见他，他正忙于跟北京回报这边的情况，派船把中央任命的官员接来，迅速建起水泥厂，开始重建江户城。
按照内阁跟北海研究出来的结果，将日本分成三部分，北海道岛跟库页岛划入北山省，还包含勘察加半岛跟整个东西伯利亚地区，省会就在海参崴，南边的九州岛单独划为一省，本州岛跟四国岛化为一省，每省州府全部重新划定，很多名字都重新命名。
各州府掌管用最快的速度乘船赶来，开始上班，最先进驻的就是公安部，核查户口，制定户籍，丈量土地等等，日本全国的土地都收归国有，然后根据各地的不同情况分给贫民，最底层的贫民原来在各自蕃主名下，地位跟奴隶差不多，或许能够高上一点，但也有限，现在得到了可以耕种的土地，而且他们很多人根本没有姓氏，各州县掌管设专门的人让他们入华夏姓氏，给他们起真正的名字，李云崖又调了不少农具跟渔船，帮助农户们尽快恢复生产，工业部建大量的工厂，招收劳工开始生产，初时有的反弹很快平息下去。
日本这里告一段落，李云崖立即建议朱由检让卢象升挥师南下，拿下琉球，朱由检有所不忍：“琉球国向来尊崇我大明，历朝历代，都没有过不敬中华之念，若连琉球都要吞下来，实在无法向天下人交代，况且我们现在疆域之广，史所罕见，便是当年的汉唐，甚至是元朝，咱们也都比得上，琉球岛国，邦小民寡，土地贫瘠，何苦为难于他！”
朱由检是中国古人传统的思维方式，李云崖不能怪他，拿过地图给他讲：“现在欧洲人已经从地球的这一遍绕到了美洲大陆，就是这里，在那边跑马圈地，从非洲贩运黑人奴隶到那边为他们做工种地，挖掘矿藏，咱们不能任由着他们将每周瓜分完毕，也一定要去插一手，即使现在部分好处，也得在那边有个立足点，不然的话你看，将来一旦这个地方不再受欧洲各国控制，而是联合起来单独成为一个国家，跟咱们隔海相望，再用手段挑拨串通琉球，就把咱们堵在家门里面了，就像下棋一样，咱们最起码要跟那边在战略上处于同等地位才行。”
朱由检仍然不能理解他所说这些的重要性，但他听李云崖惯了的，这些年李云崖所说的事情，全部都应验了，答应他的事情，也都做到了，既然这次李云崖也这么肯定，他也就不拦着了。
见他点头答应，李云崖一把抱住他按到椅子上，狠狠亲了一大口：“宝贝儿，你真的是太善解人意，太可爱了，检检宝贝，今天晚上我一定好好奖赏你！”
攻略琉球跟攻略日本不同，朱由检调集北海舰队、东海舰队、南海舰队，除了铁甲舰之外，连许多已经淘汰的三桅炮舰，大蜈蚣船，大型帆船、福船、广船……共凑了一千两百艘战船，全部聚集在一起，开往琉球国首都首里城。
琉球国王还以为明军只是路过，亲自带着儿子，以及文武百官出来迎接，带着酒rou劳军。
明军这次派来的特使是新升任上来的外交部长张国维，跟随琉球国王进城，先入席吃饭，连同卢象升在内，互相推杯换盏，气氛十分融洽，席间琉球国王盛赞大明君威，就在前些年，日本曾经来攻打国琉球，琉球国抵挡不住，大明朝又没办法救护，只能被逼奉日本为宗主国，但他们仍然念着大明才是真正的宗主国，算是双宗主国……
如今这段屈辱的历史终于翻过去了，日本已经不存在了！琉球国王尚贤很年轻，今年虚岁才十七，十分羡慕地提出来能不能购买明朝的军舰？琉球国地少人稀，就是一连串的群岛组成，加起来也就是一个九州岛那么大，国力实在太弱，以捕鱼和贸易为生，所以迫切希望能够弄到几艘军舰。
张国维放下酒杯，取出朱由检的圣旨开始宣读，琉球国王听完就懵了：合着明朝是要来将我们彻底吞并啊！他看了看卢象升，以及他身后站着的士兵，知道事情不假，顿时悲从中来，面向北京方向大声疾呼：“孤有何错？竟要灭国！”
国王身边的武将抬脚踢翻桌子，反手抽出长剑就要拼命，卢象升身后的战士都摘下步枪，齐刷刷地对准过来。
琉球国王赶紧拦住手下，他知道琉球国根本无法抵挡住强大的明军，他们连日本人都打不过，方才在岸边看见周围海面上全是一条条的明军战船，视野里能见到的俱是一张张的船帆，最大的铁甲船比他的皇宫都高，那大炮筒能把他整个人塞进去！还有那些穿着军装头戴钢盔的明军战士，真真正正的虎狼之师，只要他说半个不字，立刻就会发动雷霆一击，整个流球国，会顷刻间灰飞烟灭！