再度给京师送来加急，不仅向朱由校汇报他登上大元岛之后的考察结果，还附上了大元岛的基本地形、可用停泊的海港位置图，言称已经将占据大元岛的日本人、还有利用大元岛往日本倒腾大明的丝绸、茶叶的大明流民、商人或赶走或收监；同时将迁徙过去的三万福建百姓也都安置好了，开春就可以垦荒，并将朝廷的垦荒最优厚的待遇：三年免赋税，五年赋税减半收取等，全部告知了迁徙过去的百姓。
南居益恳请朝廷敦促被派遣到大元岛的知府、知县尽快到岗，一是要治理移民，二是要对其他散布近半个岛屿的本地土著，是施行羁縻治理还是编户治理。
在历史上, 荷兰人在天启四年占据澎湖列岛失败后，就转而占据了大元岛（台湾）的西南部, 建了台湾城(荷人称热兰遮城)，然后又在赤坎地区建了赤坎城(荷人称普罗文查城)等城堡。使用武力镇压了当地的高山族人，烧毁村社, 向当地的土著征收高额的粮赋。寄居在大元岛的日本人，前期依附荷兰人、后期依附西班牙人，大量扑杀麋鹿, 贩运明朝的生丝、茶叶等回日本。
这时期居住在大元岛的高山族人, 处于原始社会末期公有制向私有制转化时期, 村社是他们的基本社会结构。是由住在同一区域的同一氏族或是多个家庭组成。实行土地公有，牲口、农具、住宅、生产物私有，由德高望重的长者担任村社的类似村长的职位。
南居益在去年得到朝廷派去的坚船利炮的援助, 当年就将来犯福建、又逃到澎湖列岛的荷兰人一网打尽。随后其按着天子和朝廷的指示，登上了大元岛，并组织将福建贫瘠山区的百姓，分批陆续送上船、迁徙上岛。迁徙来的福建百姓打破了土著故有宁谧的生活，使得尚处于原始社会末期、对资本主义萌芽已经出现的大明朝廷、没有任何抵抗能力的高山族，瞬间就接受了成为大明皇帝子民的要求。
朱由校立即召开了小朝会，与重臣分析该怎么处理大元岛之事。一番激烈的讨论后，终于获得大部分尚书侍郎的认同，将大元定名为朝廷的新元省，在未来五年内逐步完成设置布政司、府、县等直接治理。
朱由校强烈地坚持在新元省试点吏员的新管理法子，即是把所有为朝廷办事的人员，都纳到吏部的官吏录用名单。
“那岂不是会形成庞大的冗员？”吏部右侍郎何熊祥发问。他不否认天子的话说的有道理，可是真的会增加很多吃朝廷俸禄的人啊。
朱由校坚持这样的做法，不过是把暗里地的人变成明面上的人罢了。
“不把他们编入朝廷官吏的名册上，也只是名义不在册的‘吏’。不把他们纳到朝廷的管理中，难道他们就不存在了？就没有‘冗员’了？那是掩耳盗铃。
而这些实际存在的、为朝廷做事的吏员，还是要靠百姓的产出，来养活这些人的。不过是表面上不用朝廷支付俸禄，实际是额外增加了百姓的负担。
如今朕提议将他们都收编到朝廷的官吏名义下，从此吏部知道相应的人口下，各省、各府、各县、乃至各村，需要配有多少吏员职位。朝廷也可以清楚知道，究竟有多少吃俸禄的人，便于安排下一年度的预算。”
黄克缵点头承认天子说的是这个道理。
“对于吏员人选，朕建议在新元省取消世袭制度。试行大明朝放弃举业的读书人都有资格去应试吏员。凡是童生、秀才以上的，应该有优先被录为吏员的加分。这才能促使百姓送子弟继续读书。
朕认为读过四书五经，经过科举考试出来的，总比大字不识的胥吏更明白朝廷的法度。你们认同这点吗？”
能参加小朝会的，基本都是科举上来的。谁不认同这点呢？
“所以，朕想在新元省做试点。从村镇就开始按法度来施行民事治理，即便是里老调节邻里纠纷，也不能再出现族规大于国法的情况。新地方新规矩，早早让百姓知道那些是不被允许的，相信不会再出现“闻香教”蛊惑百姓的反乱。
不然想想去年山东、河南的损失，细细算起来总得是几十万甚至上百万的银子。还不知道够给未收编到礼部的胥吏发多少年的俸禄呢。”
何熊祥一下子明白了天子的意图。在座的人也听懂了天子的打算。天子是想不声不响地改变太/祖的官吏只到县、不下乡村的习惯。
一时间人人沉默起来。
乡村约定俗成的依靠村老自治，如果打破了这习俗，会带来什么？
朱由校也不着急，由着他们慢慢想。新元省与大陆这边隔离，作为试点是最适合的了。而且新元的原住民更是一张白纸，也由得朝廷教导、勾画。
周嘉谟沉默了很久，然后站起来表态。
“老臣以为陛下的想法甚好。把那些胥吏都列入到朝廷的管辖下，所有的吏员都归朝廷管理，才不会出现新科进士派下去做县令，还要受积年、世袭滑吏蒙骗、架空之事。
虽然初始的时候，朝廷会支出的总薪俸增加了，但是从此以后百姓就不必被任何人逼迫、也不必还要在赋税之外掏出不